京都大学化学研究所研究者情報   [ English | Japanese ]


四倉 聡妃弥(よつくら そひや)

バイオインフォマティクスセンター 生命知識工学
(京都大学 協力講座)
特定研究員
博士
URL:http://sohiyayotsukura.com/language/ja/79-2/
E-mail: yotsus@kuicr.kyoto-u.ac.jp
Tel: +81-774-38-3025
Fax: +81-774-38-3037

研究・教育歴
専門分野
    主な研究テーマ
    1. 私の研究は、生命科学上のネットワーク、特に遺伝子ネットワークを形成する鍵となる性質を持つようなモデルを構築するための統計的あるいは計算論的枠組みの研究です。特に、このようなネットワークを推定するための統計科学や計算機科学(アルゴリズム、アーキテクチャ、組合せ論等)手法の適用を研究しています。主な実際的な応用は、ミクロ(分子)レベルからマクロレベルまで、農業における様々な問題です。最近では、ヒトの食物摂取におけるパタンを把握するため、遺伝子と環境の相互作用とその疾病への影響を研究しています。研究の目標は、機械学習等、計算機科学の最新手法を生命科学データに適用するバイオインフォマティクス手法、すなわちゲノム情報や化学構造、また、分子、細胞、種、組織の構造上あるいは進化上の相互関係性、特に食料とその摂取者への影響への関連を効率よく解析するための手法を開発することです。
    主な論文・著書
    1. Yotsukura S, Sachdev V, Salgia R, and Bharti A, Haptoglobin- A Potential Serum Tumor Bio-Marker in Small Cell Lung Cancer Cancer Biomarkers 2, 179 (2006)
    2. Shah A, Singh H, Sachdev V, Lee J, Yotsukura S, Salgia R, and Bharti A, Differential Serum Levels of Specific Haptoglobin Isoforms in Small Cell Lung Cancer Current Proteonomics 7, 65 (2010)
    3. Yotsukura S and Mamitsuka H, Evaluation of serum-based cancer biomarkers:A brief review from a clinical and computational viewpoint Critical Reviews in Oncology &.Hematology 93, 10-115
    4. Yotsukura S, Karasuyama M, Takigawa I and Mamitsuka H, Exploring Phenotype Patterns of Breast Cancer within Somatic Mutations Briefings in Bioinformatics (2016)
    5. Yotsukura S, duVerle D, Hancock T, Natsume-Kitatani Y and Mamitsuka H, Computational recognition for long non-coding RNA (lncRNA): Software and databases Briefings in Bioinformatics 18, 9-29 (2016)
    6. Yotsukura S, Karasuyama M, Takigawa I and Mamitsuka H, A Bioinformatics Approach for Understanding Genotype-phenotype Correlation in Breast Cancer Big Data Analytics in Genomics, Springer 397-428 (2016)
    7. duVerle, A, Yotsukura, S, Nomura, S, Aburatani, H, Tsuda, K, CellTree: an R Package to Infer the Hierarchial Structure of Cell populations from Single- Cell RNA-Seq Data BMC Bioinformatics 17, 363 (2016)


    Update: Jul 18,2017